ביום הכיפורים קוראים בבית הכנסת מפטיר יונה. וזהו סיפור המעשה: האל מצווה על יונה הנביא ללכת לעיר נינוה ולבשר לתושביה כי עשו הרע בעיני אלוהים וכי עליהם להיתקן. יונה מסרב לשליחות האל ובורח דרך נמל יפו באוניה לתרשיש. בלב ים נקלעת האוניה לסערה. המלחים שנאבקו בים הגועש הטילו גורלות כדי לברר מי האשם בהתפרצות הסערה והגורל נופל על יונה. לשאלותיהם סיפר יונה שהוא בן לעם העברי וירא את ה' שממנו הוא בורח. המלחים פנו אל יונה ושאלוהו מה יעשו בו על מנת להרגיע את הים ויונה מורה להם לזרוק אותו לים.
המלחים מתלבטים. הם מנסים בשארית כוחותיהם לחתור ולהביא את כלי השיט לחוף, אולם כוחותיהם כלים. לבסוף הם משליכים את יונה למים, על מנת להשקיט את הסערה, אולם לפני כן הם נושאים תחינה: "אל נא נאבדה בנפש האיש הזה ואל תיתן עלינו דם נקי כי אתה ה' כאשר חפצת עשית". במים נבלע יונה על ידי דג גדול, יש גורסים, לויתן, ושהה בקרבו שלושה ימים ושלושה לילות. בזמן זה פונה יונה אל האל בתפילת הודיה ובתחינה לסליחה: "ואני בקול תודה אזבחה לך אשר נדרתי אשלמה ישועתי". האל מוחל ליונה ופונה אליו בשנית כדי שילך לנינוה.
יונה מוסר לתושבי נינוה שמקץ ארבעים ימים תיהפך העיר. תושבי העיר ובראשם המלך שבו בתשובה שלמה. הם חדלו מלחטוא, צמו והתפללו לאל. כך זכו במחילת האל. בשומעו על המחילה מבקש יונה מהאל להמיתו באומרו "טוב לי מותי מחיי". על פי מדרשי חז"ל כעס יונה על כך שנבואתו הוצגה ככלי ריק, כשלא התגשמה. יונה יוצא אל המדבר ובונה בו סוכה. ה' מקים שם את צמח הקיקיון ששימש כצל ליונה. לאחר מכן העלה תולעת שאכלה את הקיקיון. שוב ביקש יונה את מותו, ב"טוב לי מותי מחיי" כשהוא מתעלף מחום השמש. אז פנה אליו האל בדברים הבאים : "אתה חסת על הקיקיון, אשר לא עמלת בו ולא גדלתו, שבין לילה היה ובן לילה אבד, ואני לא אחוס על נינוה, העיר הגדולה אשר יש בה הרבה משתים עשרה רבו אדם, אשר לא ידע בין ימינו לשמאלו, ובהמה רבה?!"
יש אומרים כי סיפורו של יונה נקרא ביום כיפור על מנת להראות כוחה של תשובה. יש גורסים כי נקרא על מנת להזכיר לנו שלא נצליח להימלט מתפקידנו ומייעודנו כעם ישראל, לספק לעולם דוגמא של חיים מתוך חיבור ואהבה.
מעניין גם היחס בין יונה לבין "הגויים" בסיפור. מחויבות הספנים ליונה חודרת את הלב – מה קל יותר היה לספני הספינה מלהשליך את יונה מיד אל הים? אולם לא, הם מתלבטים ומתעקשים בשארית כוחם להביא את הספינה אל חוף מבטחים כאשר הם נלחמים כל עוד רוחם בם בהרי הגלים. רק משנואשו כליל הם משליכים את יונה הימה וגם זאת תוך כדי תפילה מעומק הלב לשמירתו ולהצלתו.
גם אנשי נינוה ניצבים קרויים מול הנביא ופועלים מקטנם ועד גדלם, בכל מרצם לתיקון. אפילו מלכם יורד מכיסאו, מעביר אדרתו, מתכסה בשק ושם אפר על ראשו. הוא קורא לעם כולו וכולל בהוראתו אף את הבהמות, הצאן והבקר, שלא ירעו, לא יאכלו ולא ישתו, להדגיש את גודל המעמד.
אם אמנם עם סגולה אנחנו, הרי שאנחנו מצווים לא לברוח מתפקידנו. עלינו להגשימו. לתיקון, ליתר חיבור ואהבה בקרב העמים כולם, בינם לביננו, ותחילה בקרבנו ממש. אנושות שלמה מחכה לתיקונה השלם, לתשובה ולרפואה השלמה בסבלנות ולעיתים בסבל אין קץ. הגיע הזמן לצאת מבטן הלוויתן.